Phương pháp nghiên cứu của kinh tế học vi mô bao gồm:

Phương pháp mô hình hóa

1. xây dựng mô hình.
2. phát triển mô hình bằng cách phân tích dựa trên các dữ liệu thu thập được.
3. kiểm chứng thực tế.

Phương pháp so sánh tĩnh

Theo phương pháp này, các giả thuyết kinh tế về mối quan hệ giữa các biến luôn phải đi kèm với giả định Ceteris Paribus trong mô hình.

Phương pháp phân tích biên tế

Đây là phương pháp đặc thù của Kinh tế học nói chung và Kinh tế học vi mô nói riêng. Nó cũng là phương pháp của sự lựa chọn kinh tế tối ưu bởi vì bất cứ sự lựa chọn nào cũng phải dựa trên sự so sánh giữa lơi ích mang lại và chi phí bỏ ra. Phương pháp phân tích biên tế được sử dụng để tìm ra điểm tối ưu (còn gọi là điểm cân bằng) của sự lựa chọn. Theo phương pháp này, chúng ta phải so sánh lợi ích và chi phí tại mỗi đơn vị hàng hóa, dịch vụ được sản xuất (hoặc tiêu dùng) tăng thêm. Lợi ích chi phí đó được gọi là lợi ích biên tế và chi phi biên tế.Phương pháp này còn được biết đến với tên gọi: phương pháp phân tích cận biên.